ஸ்பெயினின் வெற்றியாளரான டான் நுனோ பெல்ட்ரான் டி குஸ்மான் நாட்டின் மேற்கு நிலங்களை நோக்கி தொடர்ந்து ஊடுருவி, அந்த பிராந்தியங்களின் மீது தனது ஆதிக்கத்தையும் அதிகாரத்தையும் அதிகரிப்பதற்காக, புதிய கலீசியா இராச்சியம் என்ற புதிய மாகாணத்தை நிறுவினார்.
இப்பகுதியில் பல்வேறு பழங்குடி குழுக்கள் வசித்து வந்தன, அவர்கள் தொடர்ந்து ஸ்பானியர்கள் அங்கு நிறுவியிருந்த குடியேற்றங்களை அழித்தனர். நுனோ டி குஸ்மானின் லெப்டினன்ட், கேப்டன் ஜுவான் பி. டி ஓசேட் அந்த மாகாணங்களை சமாதானப்படுத்தவும், வில்லா டி குவாடலஜாராவை நோச்சிஸ்டிலன் என்று அழைக்கப்படும் இடத்தில் காணவும் உத்தரவுகளைப் பெற்றார், இது 1532 ஜனவரி 5 ஆம் தேதி அவர் நிறைவுசெய்த உண்மை. அவர் ஒரு வருடம் கழித்து டோனாலுக்கும் பின்னர் டலாகோட்லனுக்கும் செல்ல வேண்டியிருந்தது. மூன்றாவது இடமாற்றம் நகரத்தை அடேமாஜாக் பள்ளத்தாக்கில் குடியேறச் செய்யப்பட்டது, அங்கு நகரம் திட்டவட்டமாக 1542 பிப்ரவரி 14 அன்று நியூ கலீசியாவின் ஆளுநராக கிறிஸ்டோபல் டி ஓசேட் மற்றும் டான் அன்டோனியோ டி மெண்டோசா ஆகியோர் முன்னிலையில் நிறுவப்பட்டது. பின்னர் நியூ ஸ்பெயினின் வைஸ்ராய், மிகுவல் டி இப்ரா மேயரையும் லெப்டினன்ட் கவர்னரையும் நியமித்தார்.
நகரம் வேகமாக வளர்ச்சியடைந்து, பின்னர் மத மற்றும் சிவில் சக்திகளின் இடமாக இருந்த கம்போஸ்டெலாவுடன் (இன்று டெபிக்) போட்டியிடத் தொடங்கியது, இதனால் குவாடலஜாரா மக்கள் ஆடியென்சியா அதிகாரிகள் மீது இத்தகைய அழுத்தத்தை செலுத்தினர், மன்னர் பெலிப்பெ II மே 10, 1560 தேதியிட்ட ஒரு சான்றிதழை வழங்க முடிவு செய்தார், இதனால் அவர் கம்போஸ்டெலாவிலிருந்து குவாடலஜாரா, கதீட்ரல், ராயல் கோர்ட் மற்றும் கருவூல அதிகாரிகளுக்கு செல்ல வேண்டும்.
நகர்ப்புற அமைப்பு மற்ற காலனித்துவ நகரங்களின்படி திட்டமிடப்பட்டது, எனவே அதன் தளவமைப்பு சான் பெர்னாண்டோ சதுக்கத்தில் இருந்து சதுரங்க பலகை வடிவத்தில் உருவாக்கப்பட்டது. பின்னர் மெக்ஸிகல்ட்ஸிங்கோ மற்றும் அனல்கோவின் சுற்றுப்புறங்கள் ஃப்ரே அன்டோனியோ டி செகோவியாவால் நிறுவப்பட்டன, மேலும் மிகப் பழமையான ஒன்றான மெஸ்கிடனின் அக்கம். டவுன் ஹால் வீடுகளும் அமைக்கப்பட்டன, தற்போதைய சான் அகஸ்டின் கோயிலுக்கும், நீதி மாளிகை அமைந்துள்ள முதல் பாரிஷ் தேவாலயத்திற்கும் எதிரே.
இன்று, காலனித்துவ கட்டிடங்களில் நிறைந்திருக்கும் அற்புதமான நகரம், 1561 மற்றும் 1618 க்கு இடையில் கட்டடக் கலைஞர் மார்ட்டின் காசிலாஸால் கட்டப்பட்ட அதன் கதீட்ரல், கட்டாயம் பார்க்க வேண்டிய தளம் போன்ற பொருத்தமான கட்டடக்கலை எடுத்துக்காட்டுகளை வெளிப்படுத்துகிறது. அவரது பாணி தொடக்க பரோக் என வகைப்படுத்தப்பட்டுள்ளது. அதன் திடமான அமைப்பு இன்றைய பிளாசா டி குவாடலஜாராவுக்கு முன்னால் உயர்கிறது, அதன் ஆர்வமுள்ள கோபுரங்கள், அவை கட்டிடத்தின் அசல் பாணியைச் சேர்ந்தவை அல்ல என்றாலும், தற்போது குவாடலஜாரா தலைநகரின் அடையாளமாக அங்கீகரிக்கப்பட்டுள்ளன. பழமையான கோபுரங்கள் 19 ஆம் நூற்றாண்டில் ஒரு பூகம்பத்தால் அழிக்கப்பட்டன, அதனால்தான் இன்று அதில் உள்ளவை சேர்க்கப்பட்டுள்ளன. கோயிலின் உட்புறம் அரை கோதிக் பாணியில் உள்ளது, இதில் சரிகைகளால் ஆன வால்ட்ஸ் அடங்கும்.
16 ஆம் நூற்றாண்டின் பிற மத வளாகங்கள் சான் பிரான்சிஸ்கோவின் கான்வென்ட் ஆகும், இது 1542 ஆம் ஆண்டில் ஆற்றின் அருகே, அனல்கோ சுற்றுப்புறத்தில் நிறுவப்பட்டது, மேலும் சீர்திருத்தத்தில் முற்றிலும் அழிக்கப்பட்டது. அதன் ஆலயம், 17 ஆம் நூற்றாண்டின் இறுதியில் புதுப்பிக்கப்பட்டது, அதன் பரோக் முகப்பில் மிதமான சாலொமோனிக் கோடுகள் பாதுகாக்கப்படுகின்றன. சான் அகுஸ்டனின் கான்வென்ட், 1573 ஆம் ஆண்டில் பெலிப்பெ II இன் ராயல் ஆர்டினென்ஸால் நிறுவப்பட்டது, தற்போது அதன் கோயிலை அதன் கடுமையான ஹெர்ரியன் கோடுகள் மற்றும் அதன் உட்புறத்தை ரிப்பட் வால்ட்ஸுடன் பாதுகாக்கிறது.
கான்வென்டுவல் அஸ்திவாரங்களில் ஒன்றான சாண்டா மரியா டி கிரேசியா, பியூப்லாவிலிருந்து டொமினிகன் கன்னியாஸ்திரிகளால் ஆக்கிரமிக்கப்பட்டது, இது 1590 ஆம் ஆண்டில் பிளாசா டி சான் அகஸ்டினுக்கு முன்னால் கட்டப்பட்டது மற்றும் ஹெர்னான் கோமேஸ் டி லா பேனாவால் செலுத்தப்பட்டது. 18 ஆம் நூற்றாண்டின் இரண்டாம் பாதியில் இருந்து ஒரு நியோகிளாசிக்கல் முகப்பில், அதன் கோயில் மட்டுமே தொடர்ந்தாலும், கட்டுமானம் ஆறு தொகுதிகளை ஆக்கிரமித்தது.
